办理投标保函的流程相对严谨，但每一步都至关重要。以下是具体的办理步骤：
1、准备资料：
招标文件资料：包括招标公告、招标文件等。
基础交易合同资料及履约记录：提供公司对同类项目的履约记录，以证明公司的履约能力和信誉。
常规授信资料：如营业执照、法人代码证书、税务登记证、财务报表、公司决议等，这些资料是银行评估申请人资质的重要依据。
保函格式：通常招标文件中会提供要求的保函格式文本，申请人需按照要求填写。
2、填写申请：
申请人需填写《保函申请书》，并附上上述所有准备好的资料。
3、银行审查：
银行将对申请人的申请内容进行审查，包括资质、信用状况、履约能力等。
4、签订协议：
审查通过后，银行与申请人签订协议，明确双方的权利和义务。申请人需按照协议要求提供相应的担保措施。
5、开立保函：
银行根据协议内容，为申请人开立投标保函。保函的有效期一般不超过六个月，从开出之日起生效。
6、提交保函：
申请人将开立好的投标保函随同投标文件一并提交给招标人。
预付款保函的有效期：
从理论上讲，保函的目的是为了防止卖方不按合同规定交货而买方损失预付款，当卖方履行了交货义务后，保函的作用也就完成了。所以绝大部分保函的有效期从开立日始到装船日但不超过合同迟装船期，原则上说是对的。
保函实际失效时间先于卖方履行交货义务的后期限。对失效地点在中国的保函，当保函失效时，由于时差关系，对于美国卖方而言，还有十几小时才到迟装船期。
买方无时间办理索偿手续。对失效地点在卖方所在地的保函，当买方获知卖方未能在迟装船期内履行交货义务，此时保函时效也已到，由于地理位置的差异，买方已没有时间办理有关索偿手续。所以我们应要求保函有效期至合同迟装船期后几个工作日较妥。我们之所以强调是“工作日”主要考虑遇到节假日的情况。
预付款保函和履约保函的区别：
1、担保的期限时间不同
履约保函一般是在签订合同前要求出具。简而言之是为了防止施工单位或供货商不按合同约定履行义务。担保的时间往往要贯穿整个项目，比较长。预付款保函一般是在业主方拨付预付款前要求出具。其实为了防止施工单位或供货商未按照要求合理使用预付款或者未按时开工等情况。担保的时间往往不长，大部分的项目一般为1-3个月，具体以施工合同约定为准。
2、用途不同
预付款保函用于确保预付款的支付，而履约保函用于确保合同履行。
3、失效时间不同
预付款保函在预付款抵扣完毕后失效，而履约保函在合同期履行完毕后失效。
保函的共同优点：
1、减少由于缴纳现金保证金引起的长时间资金占压，获得资金收益;
2、与缴纳现金保证金相比，可以使有限的资金得到优化配置;权益得到更好地维护。
3、对业主或买方：合理制约承包人、供货方行为，良好维护自身利益;避免收取、退回保证金程序的繁琐，提高工作效率。