医院总用地面积5.53万平方米，总建筑面积15.7万平方米；预防研究区（门头沟西山园区）总用地面积7.33万平方米，总建筑面积目前为3.7万平方米，未来将达到9.2万平方米。医院设有36个病房，26个手术室（其中包含5个复合技术手术室），17个导管室，1521张编制床位数，实际开放床位数1291张。在职员工3571人，中高级职称专业技术人员1440人（数据截至2020年12月31日）。同时，配备有血管造影机、双源CT、核磁共振、PET-CT等与世界接轨的医疗科研设备。
医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
中国医学科学院阜外医院（以下简称阜外医院），是三级甲等心血管病专科医院，目前正朝向综合型医院转型发展。阜外医院是国家心血管病中心所在地，是心血管疾病国家重点实验室、国家心血管疾病临床医学研究中心建设承担单位，是获得全国首批“辅导类”国家医学中心和全国国家医学中心实质落地项目建设单位，以诊治各种复杂、疑难和重症心血管疾病而享誉国内外，已成为世界上的心血管疾病诊治中心和集医疗、科研、预防和人才培养于一体的医学研究与教育中心。
影响深远的国际交流
阜外医院立足“国际”心血管病医院建设，积极推进高水平、多层次国际合作。持续保持与加强同国际医学机构合作，组织参加或开展多项国际多中心临床研究。围绕服务“一带一路”战略，与沿线多个国家心血管医院签署合作协议，开展境内外发展中国家青年医生培养教育活动，推动“一带一路”沿线国家提高心血管病防治水平。积极扩大阜外品牌影响力，积极主办和引进高水平国际学术会议，中国心脏大会、中国血管大会等，吸引和邀请国际学者参会并发布国际研究成果。