北医三院拥有3个教育部创新团队：骨科、运动医学研究所、妇产科；3个教育部重点实验室：辅助生殖、分子心血管学（参与）和视觉损伤与修复（参与）；1个国家卫生健康委重点实验室：心血管分子生物学与调节肽；8个北京市重点实验室：磁共振成像设备与技术、脊柱疾病研究、生殖内分泌与辅助生殖技术、心血管受体研究、运动医学关节伤病、幽门螺杆菌感染与上胃肠疾病、眼部神经损伤重建保护与康复、神经退行性疾病生物标志物研究及转化。
北医三院为完成单位，乔杰院士团队牵头的“配子胚胎发育研究与生育力改善新方法的应用”研究荣获2017年国家科技进步奖二等奖，“生殖细胞发育的表观遗传调控机制及体外干预方法研究”项目，荣获2018年中华医学科技一等奖；骨科刘忠军教授团队牵头的“3D打印钛合金骨科植入物的临床应用与关键技术研究”荣获2018年北京市科学技术奖一等奖。
2018年，北医三院迎来六十华诞，金秋十月，中国医院创新发展峰会暨北医三院建院60周年学术研讨会在北京国际会议中心召开。大会以“创新点亮未来”为主题与国内外同行共同探索新时代大型医院创新发展之路，引起国内同行的广泛关注。拥有60年历史的北医三院，积淀历久弥新的医院文化，充满朝气与活力。全体北医三院人将继续秉承“团结、奉献、求实、创新”的院训精神，以精湛的医术和高度的责任感承载生命的重托，为建设“医疗中心、高水平的疑难重症诊治中心、临床医学研究中心和医学人才培养基地”而努力奋斗！
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