主要的方法与服务模式为：、心理、行为、康复训练、健全人格培养为核心的综合模式和预防-早期诊断--康复为一体的连续式服务机制。非方法包括：心理、沙盘、艺术、音乐、生物反馈、物理、认知功能训练、社交技能训练、压力与情绪管理等。
北京儿童医院精神科目前已开设如下专业细分门诊：注意缺陷多动门诊、孤独多动抽动门诊、学习困难门诊、心理咨询门诊、青春期心理咨询门诊、精神病专病门诊、精神残疾评估门诊、脑功能及行为发育门诊、脑认知功能评估门诊、心身会诊联络门诊等。
北京儿童医院以病人为中心，全心全意为儿童服务，大力弘扬“公慈勤和”院训精神，涌现出全国道德模范、全国共产党员贾立群同志等杰出代表。医院坚持公益，始终“关注儿童、关注健康”，成立“北京儿童健康基金会”，扶助困难家庭患儿就医;组织医疗骨干参加援疆援藏任务、“人才京郊行”、大型义诊活动，为偏远地区和基层单位的儿童送医、送药、送健康;开展免费救治西藏先心病、唇腭裂患儿活动，举办血友病、糖尿病、白血病儿童夏令营，让患儿感受到社会的温暖。
北京儿童医院精神科一直坚持心理健康应该从娃娃抓起。在儿童心理健康领域做了大量探索的工作，其中以脑与认知神经科学为主。先后承担和参与了一系列重大的儿童神经发育领域的科研项目。