因为正常的银行保函是需要在该银行有一定存款做为保证金的，如果申请人违约了，银行在向招标人支付违约金的同时，也会从投标人的帐户中扣除相应的保证金。但是由于大多数投标人并没有多余的资金存在银行帐户，而且存了钱的银行也不一定能够开保函，因此，投标人很难自己直接从银行申请办理保函。
保函的优势
1、手续简单。对于保函，招标人收取的就是一份担保文件，退还也就是退还这份文件，与财务及企业账目无关，也不存在退还利息的情况。
2、 保证金。保证金受到银行及担保公司监管，资金。
3、保函可替代现金流。减轻了企业负担，释放了沉淀资金，盘活了企业的现金流。
走了招投标程序，招标文件上要体现开预付款保函的比例信息，规定好对于保函的要求，比如对银行的指定、保函格式的规定、如果招标文件上没有，就得让业主出个说明，银行才能根据你们的约定才能开保函。
预付款保函办理方式有两种：
1、企业自己去银行出，需要缴纳全额保证金，开多久，资金就冻结多久，结束后，才能解冻这笔资金，很明显，占用流动资金，这是弊端；
2、占用担保公司在银行的额度出函，跟种出来的保函是一样的，优点就是不用交保证金给银行，也不用给担保公司，只需要给担保司一个手续费，很少。